I SERIA
I seria jest dość schematyczna. Wojownicy Lyoko odkrywają atak Xany, idą do Lyoko, Aelita dezaktywuje wieże, Jeremie robi powrót do przeszłości. Fabuła polega tylko na tym, że Jeremie cały czas próbuje zmaterializować Aelitę. Udaje się to dopiero w przedostatnim odcinku (Kod: Ziemia). Niestety okazuje się, że nie można wyłączyć superkomputera, bo Xana w jakiś sposób związał ze sobą Aelitę. Na końcu wysyła na ziemie swoje potwory: karaluchy, sztuczkę tą powtórzył już tylko raz w jednym z odcinków drugiej serii. Po powrocie do przeszłości Aelita decyduje się zostać w Lyoko, a Jeremie zacznie odtąd pracować nad antywirusem, który ma ją uwolnić od Xany. Jedynymi odcinkami, nie licząc dwóch ostatnich, wyłamującymi się z typowego dla tej serii schematu są “Kłamstwa”, kiedy to Jeremie chciał pójść do Lyoko by osobiście przeprosić Aelitę po pewnej kłótni, ale na skutek błędu transferu znalazł się w próżni, a także “Równoległa Rzeczywistość”, w której Xana stworzył w Lyoko replikę realnego świata i uwięził tam Yumi, Ulricha i Odda. Przyjaciół uratował wtedy Jeremie i w powszechnej opinii jest to najlepszy odcinek 1 serii. Mimo mizernego rozwoju fabuły seria ta jest powszechnie uważana za najbardziej klimatyczną, w niej też sektory Lyoko wyglądają najlepiej.
Artykuł napisał Maciej.
II SERIA
Jeremie konstruuje pojazdy: deskę, motor i hulajnogę (więcej w dziale o pojazdach), by szybciej przemieszczać się po Lyoko. Xana też nie pozostaje w tyle więc stwarza nowe potwory m.in. tarantule (więcej w dziale o potworach). Odkrywają także sektor V – Kartaginę, który zamieszkuje Xana. Wirus zmienił technikę i próbuje uciec z superkomputera, a nie jest to możliwe bez pamięci Aelity, czyli kluczy do Lyoko. Przy okazji poznajemy coraz więcej historii z życia Aelity np. to, że żyła kiedyś na Ziemi, miała rodziców, a ojciec – Franz Hopper pracował w szkole Kadic. Xana ma też możliwość opętania człowieka. Jego ataki to m.in. zawładnięcie powrotem do przeszłości by zwiększyć swoją siłę, dlatego grupa włącza go w nadzwyczajnych przypadkach, zawładnięcie super przestępcą, by ukradł baterię uranową aby superkomputer nie uległ zniszczeniu. Ucieka z Lyoko w ostatnim odcinku II serii, pozbawiając Aelitę życia. Ratuje ją Franz przywracając jej wspomnienia. Xana stanowi teraz większe zagrożenie dla Ziemi niż kiedykolwiek.
III SERIA
Po powrocie z wakacji grupa spotyka się w fabryce. Okazuje się, że po Xanie nie ma ani śladu. Jeremie powiedział, że nauczył się wchodzić do internetu, dlatego zmienia super skan, by teraz szukał także Xany w internecie. Jego nową strategią w tej serii jest zniszczenie Lyoko. Do tego opętuje Aelite za pomocą Scyfozoi, by wpisała w wieży przejścia “Kod Xana”. Próbuje także zniszczyć superkomputer. W przedostatnim odcinku do grupy dołącza William, ponieważ uratował superkomputer i fabrykę przed wybuchem – rozbroił detonator. Ale Xana miał inne plany atakuje rdzeń Lyoko. Aelita i William idą do Lyoko, by je ratować, ponieważ Odd był na zawodach, Ulrich rozmawiał ze swoim ojcem, Jeremie udzielał wywiadu do szkolnej gazetki. Przez swoją bezmyślność William zostaje opętany przez Xane i niszczy Kartaginę, a on sam zostaje pod władzą Xany w cyfrowym morzu. Po wszystkim grupa spotyka się w Pustelini, Jeremiemu przychodzi wiadomość z internetu, którą wysłał Franz Hopper, w której były dane jak odbudować Lyoko.
IV SERIA
Jeremie wraz z Aelitą i pomocą jej ojca odbudowują Lyoko. By ścigać Xane budują wirtualną łódź “Skidbladnir”. Wirus buduje repliki Lyoko, ale tylko z jednym sektorem, by zawładnąć superkomputerami na świecie. Pierwszą repliką jaką odkryli była replika Lasu. Jej superkomputer znajdował się w Amazonii (więcej w dziale Repliki). W odcinku 92 odkrywają 4 replikę – Sektora Polarnego. W tym odcinku Xana wysyła z superkomputera na ziemię Williama. Był to błąd, gdyż wieża którą aktywował by to zrobić zawierała wszystkie pliki do jego kontroli. Dzięki nim udało się w odcinku 93 sprowadzić Williama na ziemię i uwolnić go od Xany. W odcinku 92 tworzy nowego potwora – Kolosa, który jest gigantyczny i potrafi zniszczyć wszystko. Niestety celem okazał się Skidbladnir, którego zniszczył w odcinku 93. W odcinku 94 Jeremie kończy program wieloczynnikowy, który ma zniszczyć Xane. Udaje mu się to lecz z poświęceniem życia Franza Hoppera. W odcinku 95 grupa niechętnie wyłącza superkomputer.